La principal misión del CIEDA es convertirse en un centro de referencia en formación, investigación y desarrollo de instrumentos jurídicos de implementación de políticas de sostenibilidad, vinculadas a los nuevos retos de la sociedad a escala internacional. Son, por tanto objetivos principales del CIEDA:

1. La contribución al estudio y elaboración normativa de los instrumentos de regulación medioambiental de la Unión Europea, con una especial participación en el papel que desarrollan sus principales instituciones en el marco de la revisión de la legislación medioambiental impulsada por la Unión Europea.
2. La participación activa en los foros internacionales en los que se elaboren normas de carácter internacional y políticas que tengan su repercusión en el medio ambiente global.
3. La consideración del CIEDA como Centro de Documentación de Derecho Ambiental de referencia, que reúna toda la información que se produzca en relación con esta disciplina jurídica a escala internacional, con un apoyo de divulgación en un portal de Internet que facilite el acceso a los servicios del Centro.
4. Como complemento a lo anterior, la creación del Foro de Información y Participación Pública del CIEDA, que favorezca la consecución de los principios de Aarhus.
5. El desarrollo del derecho ambiental en Iberoamérica, con una atención prioritaria a las necesidades de los países en desarrollo con los que España tiene una especial vinculación.
6. La proyección de la colaboración y cooperación en el desarrollo de estos objetivos en el área de los países mediterráneos, de acuerdo con las políticas e instrumentos de cooperación que en estos ámbitos se vienen desarrollando desde Europa.
7. La atención a la instrumentación jurídica de los principales problemas derivados de la protección medioambiental a escala global, como son los derivados de la articulación jurídica de los instrumentos de la lucha contra el cambio climático y el cumplimiento de los objetivos de Kyoto y, en su caso, de la COP 15, la biodiversidad, la desertificación, los recursos hídricos, la protección de los océanos, los residuos, la política energética, la prevención y reparación de daños medioambientales o la lucha contra la pobreza.